Okulumuz; Refahiye Anadolu Öğretmen Lisesi olarak 2009/2010 yılında, 60 yatılı öğrenci ile Refahiye ÇPL binasında eğitim ve öğretime başlamıştır. 2010/2011 eğitim-öğretim yılında 5 şube 120 öğrenci ile Refahiye ÇPL binasında eğitime devam etmiş, 2011/2012 yılında ise; 156 öğrenci ve 8 şube ile Refahiye Anadolu Lisesi binasında eğitim ve öğretimini sürdürmüştür.
2013/2014 eğitim ve öğretim yılında da okul binasının inşaatı devam ettiğinden Anadolu Lisesinde eğitime devam edilmiştir. Okulumuzun açıldığı yılda pansiyonu olmadığından, yatılı öğrencilerimiz Refahiye ŞK Yatılı Bölge Okulu'nda tahsis edilen C blok'ta barınmışlardır. Kız öğrencilerimiz ise; ÇPL Kız pansiyonuna yerleştirilmişlerdir.
Kız ve erkek yatılı öğrencilerimiz 2013/2014 eğitim ve öğretim yılının 2. döneminde, 85 erkek ve 82 kız öğrenci olmak üzere Refahiye Anadolu Lisesi pansiyonuna yerleştirilmişlerdir.
2014/2015 eğitim ve öğretim yılında Anadolu Öğretmen Liselerinin kapatılmasıyla okulumuz Fen Lisesi'ne dönüştürülmüştür. 2014/2015 eğitim-öğretim yılında Fen Lisesi 9. sınıfa 60 öğrenci yerleşmiştir. Okulumuz 2014 yılı Aralık ayında yeni yaptırılan 16 derslikli okul binası ve 300 yatılı öğrenci kapasiteli pansiyonuna taşınmıştır. 2017/2018 eğitim ve öğretim yılında ilk mezunlarını vermiştir.